رئیس فرهنگستان علوم در پیامی در صفحه اینستاگرامی خود در واکنش به خبر فوت «مریم میرزاخانی» نوشت:
دختر نابغه‌ای که می‌خواست رمان‌نویس شود، اما مانند فیثاغورث و افلاطون زیبایی را در ریاضیات یافت و خیلی زود چراغ فروزان دانش ایران و پریشادخت جهان ریاضی معاصر شد، زودتر از زود و بسیار بی‌هنگام از این جهان درگذشت.
رضا داوری اردکانی با اظهار تاسف به این موضوع در ادامه نوشت:
"من به نمایندگی از فرهنگستان علوم این مرگ پر از درد و دریغ را به خانواده گرامی میرزاخانی و اهل دانش و دانایی در سراسر جهان و به همه مردم ایران مفخر دانشگاه و دانش کشورشان را از دست داده‌اند، تسلیت می‌گویم.
فرهنگستان علوم در سال گذشته از دکتر میرزاخانی دعوت کرد که به ایران بیاید و می‌خواست که او را به عضویت افتخاری فرهنگستان درآورد، ولی دانشمند جوان بیمار و آزرده بود و عذر خواست. ما می‌دانستیم که بیمار است، ولی گمان نمی‌کردیم که بیماریش چندان بی‌رحم باشد که گل شکفته باغ دانش را بی‌پروا از شاخه بچیند و پرپر کند و غبار غم این باغ را غلیظ‌تر سازد.
مرگ ریاضیدان بزرگی که هنوز جوانیش به پایان نرسیده بود و امید می‌رفت که کارهای بزرگ دیگری برای علم جهان بکند، نه فقط مردم ایران را که هموطنش بودند، بلکه همه جهان علم را در ماتم فرو برد. مسلما نامش در تاریخ خواهد ماند و درخشید. روانش شاد و برخوردار از رحمت خدای بزرگ باد".